Es gibt auch noch ein zweites wichtiges System zur Blutgruppenbestimmung, und zwar das Rhesussystem, das auch Ergebnis von Landsteiners Forschungen ist. 1940, drei Jahre vor seinem Tod, hat Landsteiner gemeinsam mit dem amerikanischen Hämatologen Alexander Solomon Wiener das Rhesussystem entdeckt.

Der sogenannte Rhesusfaktor ist ein weiteres Antigen auf den roten Blutkörperchen. Menschen, die dieses Antigen besitzen, werden als rhesuspositiv bezeichnet, die anderen als rhesusnegativ. Rhesusnegative Menschen bilden Antikörper gegen rhesuspositive Menschen, daher ist dieser Faktor bei Bluttransfusionen unbedingt auch zu beachten.

Besonders wichtig ist der Rhesusfaktor bei schwangeren Frauen, da bei der Geburt Blut des Fötus in den Kreislauf der Mutter eindringen kann und es zu einer lebensgefährlichen Abwehrreaktion kommen kann, wenn Mutter und Kind einen unterschiedlichen Rhesusfaktor aufweisen.